Funciona nas modalidades Alargada e Restrita.

A Comissão Alargada funciona em Plenário ou por grupos de trabalho para assuntos específicos, reunindo no mínimo de dois em dois meses.

A Comissão Restrita funciona em permanência e o seu plenário reúne sempre que convocado pelo respectivo presidente, no mínimo com periodicidade quinzenal.

O apoio logístico é assegurado pelo Município, em cujas instalações a Comissão funciona.

A Comissão Nacional de Protecção das Crianças e Jovens em Risco acompanha, apoia e avalia o desempenho das CPCJ.
O Ministério Público acompanha a actividade das CPCJ, tendo em vista apreciar a legalidade e a adequação das decisões, a fiscalização da sua actividade processual e a promoção dos procedimentos judiciais adequados.