Segundo a documentação existente, o antigo mosteiro de S. Pedro data do séc. X. No ano de 1210 o Mosteiro de Arouca é legado a D. Mafalda, por seu pai, D. Sancho I, Rei de Portugal. No entanto, o início do seu padroado ocorre apenas em 1217 ou mesmo 1220. Embora nos seus primórdios a regra adoptada no Mosteiro tenha sido a da Ordem de S. Bento, no início do séc. XII viria a ser adoptada a da Ordem de Cister, que se manteria até aos finais do séc. XIX.

Nos sécs. XV e XVI foram realizadas diversas obras de reconstrução e ampliação do Mosteiro, datando o imponente edifício, tal como vemos hoje, dos sécs. XVII e XVIII.

Os espaços mais notáveis de todo o conjunto são a Igreja, o Coro das Freiras, os Claustros, o Refeitório e a Cozinha. Merece referência especial o magnífico Museu de Arte Sacra que nele se alberga - um dos melhores, no seu género, em toda a Península Ibérica -, no qual, para além de múltiplos objectos de culto, paramentos, peças de mobiliário, manuscritos litúrgicos, se podem encontrar peças raríssimas nas artes da escultura, pintura, tapeçaria, ourivesaria, etc.

O Mosteiro de Arouca foi classificado como Monumento Nacional pelo decreto de 16-06-1910. Z.E.P., D.G. 2.ª Série, n.º 164 de 15-07-1960. Está sob a responsabilidade do Instituto Português do Património Arquitectónico e Arqueológico.